Cílem kontroly veřejných financí je zajistit, aby s veřejnými prostředky bylo nakládáno účelně, hospodárně a efektivně, a zároveň aby byly chráněny před riziky, chybami a nesrovnalostmi. Kontrola veřejných financí proto nepředstavuje pouze následné prověřování, ale především soubor preventivních a průběžných opatření, která mají předcházet problémům již při rozhodování o použití veřejných prostředků.

Zákon o řízení a kontrole veřejných financí zapracovává příslušný předpis Evropské unie a upravuje řízení a kontrolu veřejných financí ve třech základních rovinách: uvnitř orgánů veřejné správy, mezi jednotlivými orgány veřejné správy a ve vztahu k žadatelům nebo příjemcům veřejné finanční podpory.

V první rovině se zákon zaměřuje na řízení a kontrolu veřejných financí uvnitř orgánu veřejné správy. Tato oblast zahrnuje zejména povinnost nastavit a dlouhodobě udržovat přiměřený a účinný vnitřní kontrolní systém. Jeho součástí je výkon řídicí kontroly, která tvoří základ každodenního řízení veřejných financí, a dále výkon interního auditu uvnitř orgánu veřejné správy. Tato úprava je obsažena ve třetí a čtvrté části zákona.

Druhá rovina se týká řízení a kontroly veřejných financí mezi orgány veřejné správy. Zahrnuje výkon interního auditu v rámci kapitoly státního rozpočtu podle ustanovení § 19 odst. 2 zákona, výkon vrchního auditu podle ustanovení § 29 zákona a také výkon veřejnosprávní kontroly hospodaření, kterou vykonávají územní samosprávné celky vůči svým příspěvkovým organizacím podle ustanovení § 32 zákona. Tato kontrola zajišťuje dohled nad hospodařením těchto organizací a posiluje odpovědnost při nakládání s veřejnými prostředky.

Třetí rovina upravuje řízení a kontrolu veřejných financí mezi orgány veřejné správy a žadateli nebo příjemci veřejné finanční podpory. Tato oblast je upravena zejména v páté části zákona a stanoví pravidla pro výkon veřejnosprávní kontroly veřejné finanční podpory, a to včetně podpory poskytované ze zahraničních prostředků. Cílem této úpravy je zajistit, aby veřejné prostředky byly využívány v souladu s účelem, na který byly poskytnuty, a aby bylo možné jejich použití účinně kontrolovat.