Zákon č. 231/2025 Sb. vymezuje základní zásady řízení a kontroly veřejných financí, které prostupují celým procesem kontroly. Tyto zásady se uplatňují jak při nastavování a udržování vnitřního kontrolního systému, tak při výkonu řídicí kontroly, interního a vrchního auditu, při veřejnosprávní kontrole i při správě zahraničních prostředků.

• Zásada řádného finančního řízení (§ 3) představuje souhrn zásad účelnosti, hospodárnosti a efektivity. Účelné nakládání s veřejnými prostředky znamená, že dosažené výsledky odpovídají stanoveným cílům a záměru, na který byly prostředky určeny. Hospodárnost spočívá v minimalizaci nákladů při zohlednění nejen ceny, ale i kvality, množství a dodacích podmínek. Efektivita vyjadřuje vztah mezi vynaloženými prostředky a dosaženým užitkem, tedy snahu dosáhnout co nejlepšího výsledku při daných nákladech.
• Zásada spolupráce (§ 4) vychází z potřeby sjednocení postupů a sdílení informací výsledků kontrolní činnosti mezi orgány veřejné správy. Díky této spolupráci lze využívat již provedené kontroly, předcházet jejich zbytečnému opakování, snižovat administrativní zátěž a minimalizovat náklady spojené s kontrolní činností.
• Zásada prevence (§ 5) klade důraz na předcházení vzniku nedostatků. Pokud jejich vzniku nelze zcela zabránit, směřuje k jejich včasnému odhalení, aby bylo možné co nejdříve přijmout nápravná opatření a omezit negativní dopady na veřejné prostředky.
• Zásada přístupu založeného na riziku (§ 6) vychází z toho, že riziko představuje potenciální budoucí událost, která může ohrozit nebo negativně ovlivnit plnění úkolů orgánu veřejné správy. Řízení a kontrola veřejných financí se proto zaměřují především na identifikaci a vyhodnocení rizik a na přijímání opatření k jejich vyloučení nebo zmírnění. Rizika nemusí mít pouze finanční povahu, ale mohou vyplývat například z právních předpisů, smluvních vztahů či provozního fungování organizace.
• Zásada rozdělení práv a povinností (§ 7), často označovaná jako zásada „čtyř očí“, představuje základní kontrolní mechanismus. Jejím smyslem je zajistit, aby rozhodování a kontrola nebyly soustředěny do rukou jediné osoby a aby se na schvalování a kontrole příjmových, výdajových a majetkových operací podílelo více osob.
• Zásada zachování auditní stopy (§ 8) stanoví povinnost zajistit odpovídající dokumentaci o řízení a kontrole veřejných financí. Auditní stopu tvoří zejména vnitřní předpisy, nastavení řídicích a kontrolních mechanismů a dokumentace umožňující ověřit průběh i obsah kontrolovaných operací. Patří sem záznamy o provedení řídicí kontroly, protokoly o kontrolách, auditní zprávy a další relevantní dokumenty. Orgán veřejné správy musí být schopen zpětně doložit, jak byly jednotlivé operace připravovány, kdo se na nich podílel a jaká rozhodnutí byla přijata. Auditní stopa tak umožňuje rekonstruovat sled kontrolních úkonů a rozhodnutí a ověřit jejich správnost.