Dle zákona č. 231/2025 Sb. o řízení a kontrole veřejných financí ve znění účinném od 1. 1. 2027 (dále jen "zákon”) je jednou ze základních povinností vedoucího orgánu veřejné správy nastavit a dlouhodobě udržovat přiměřený a účinný vnitřní kontrolní systém prostřednictvím vnitřního předpisu, který upravuje jeho fungování a stanoví postupy řídicí kontroly (§ 9 odst. 1 písm. a) zákona). Vnitřní kontrolní systém představuje základní rámec řízení veřejných financí a je klíčovým nástrojem pro předcházení rizikům, chybám a nesrovnalostem. 

Přiměřený vnitřní kontrolní systém je takový, který odpovídá vnějším podmínkám, složitosti organizační struktury a charakteru vykonávaných úkolů orgánu veřejné správy (§ 9 odst. 3 písm. a) zákona). Účinný systém pak zajišťuje, že kontrolní opatření skutečně plní svůj účel, umožňují včas identifikovat rizika a přispívají k účelnému, hospodárnému a efektivnímu nakládání s veřejnými prostředky (§ 9 odst. 3 písm. c) zákona). 

Součástí vnitřního kontrolního systému je vytvoření odpovídajícího kontrolního prostředí (§ 9 odst. 3 písm. b) zákona), které podporuje řádné a včasné plnění úkolů a cílů orgánu veřejné správy a je v souladu s právními předpisy, přímo použitelnými předpisy Evropské unie a vnitřními předpisy orgánu veřejné správy (§ 9 odst. 3 písm. f) zákona). Nedílnou součástí systému je rovněž řízení rizik (§ 9 odst. 3 písm. c a § 10 odst. 1 zákona), které umožňuje včas zjišťovat rizika související s nakládáním s veřejnými financemi a přijímat opatření k jejich vyloučení nebo zmírnění. 

Důležitým prvkem vnitřního kontrolního systému jsou informace a komunikace (§ 9 odst. 3 písm. d), jejichž prostřednictvím jsou osobám zapojeným do řízení a kontroly poskytovány včasné, relevantní a spolehlivé informace nezbytné pro rozhodování. Systém musí zároveň zahrnovat monitoring (§ 9 odst. 3 písm. e) zákona), tedy průběžné prověřování jeho fungování, které umožňuje včas identifikovat závažné nedostatky, přijímat preventivní a nápravná opatření a sledovat jejich plnění. 

Vedoucí orgánu veřejné správy je odpovědný za to, aby všechny operace byly prověřeny řídicí kontrolou (§ 9 odst. 1 písm. c) zákona), a aby činnosti v rámci vnitřního kontrolního systému vykonávaly bezúhonné osoby s odpovídajícími odbornými předpoklady (§ 9 odst. 1 písm. d) zákona). Zároveň stanoví rozsah práv a povinností osob zapojených do vnitřního kontrolního systému (§ 9 odst. 1 písm. b) zákona) tak, aby byly jasně vymezeny jejich odpovědnosti a kompetence. 

Osoby vykonávající činnosti v rámci vnitřního kontrolního systému jsou povinny zjišťovat a posuzovat rizika související s úkoly, které jim byly svěřeny, a přijímat opatření k jejich vyloučení nebo zmírnění (§ 10 odst. 1 zákona). V případě zjištění nedostatků jsou povinny neprodleně přijmout nápravná nebo preventivní opatření, případně o potřebě jejich přijetí informovat vedoucího orgánu veřejné správy (§ 10 odst. 2 zákona). 

Vnitřní kontrolní systém tak představuje dynamický proces, který se průběžně vyvíjí v závislosti na změnách vnějších i vnitřních podmínek. Jeho pravidelné vyhodnocování a přizpůsobování je nezbytným předpokladem pro řádné, transparentní a odpovědné řízení veřejných financí.